Né à Montreuil-l'Argillé le 28 mars 1663, il est le fils de Louis Boivin (?-v. 1672), avocat, et de Marie Vattier (?-v. 1666), sœur de Pierre Vattier, professeur royal en langue arabe, et le petit-fils de François Boivin, avocat. Son père décédé, il est élevé par son frère aîné Louis Boivin, précepteur chez les Le Peletier.

Il épouse Anne de La Croix, la nièce de Mme Le Hay, dite Mme Chéron, épouse de M. Le Hay, garde des estampes de la Bibliothèque du roi. De cette union naissent six enfants, dont seulement deux filles (dont Camille-Tairaise Boivin) et un fils (1717-?) survivent.

Entré à la Bibliothèque du roi en 1686, il est commis en second à la garde de la Bibliothèque du roi (1691…), professeur de grec au Collège royal (1706-1726), associé (1705) puis pensionnaire (1724) de l'Académie des inscriptions et médailles, et il devient garde des Manuscrits de la Bibliothèque du roi (1720-1726), puis membre de l'Académie française (27/02/1721). Il est également membre (correspondant ?) de l'Académie de la Crusca de Florence.

Meurt à Paris le 29 octobre 1726 d'une fièvre lente et est inhumé à Saint-Eustache.

C'était un poète latin et grec et français ; il avait pour protecteurs l'abbé de Louvois, Bignon, d'Aguesseau et Rollin.
Une partie de ses catalogues des manuscrits sont encore en usage.

· Allard (Christophe), « Deux normands membres de l'Académie des inscriptions au XVIIIe siècle : Louis et Jean Boivin, 2e partie : Jean Boivin de Villeneuve (1663-1726) », dans Précis analytique des travaux de l'Académie des sciences, belles-lettres et arts de Rouen, Rouen/Paris, impr. d'E. Gagniard-Picard, p. 219-258.
· Balayé (Simone), La Bibliothèque nationale, des origines à 1800, Genève, Droz, p. 117-118.
· Tesnière (Marie-Hélène), avec la collaboration de Foucaud (Jean-François) et de Seckel (Raymond-Josué), « Gardes, conservateurs et directeurs du département des Manuscrits de 1720 à 2006 », ressource électronique [en ligne sur le site de la Bnf].
· Diderot, D'Alembert (dir.), Encyclopédie, ou Dictionnaire raisonné des sciences, des arts et des métiers, Berne/Lausanne, Sociétés des typographes, 1780, t. XXII, p. 215.
· Goujet (Claude-Pierre), Mémoire historique et litteraire sur le Collège royal de France, Paris, A.-M. Lottin, 1758, t. I, p. 598-602.
· Piganiol de La Force (Jean-Aymar), Nouvelle description de la France, Paris, C.-N. Poirion, 1754, t. IX, p. 324-325.